Nhiệm vụ của "siêu cống" Cái Lớn và Cái Bé là kiểm soát nguồn nước (mặn, ngọt, lợ) tạo điều kiện sản xuất ổn định, bền vững đối với các mô hình sản xuất theo hệ sinh thái (ngọt, mặn - lợ, ngọt - lợ luân phiên) cho vùng hưởng lợi với diện tích tự nhiên 384.120ha.

Ngoài ra, công trình này còn kết hợp với tuyến đê biển Tây tạo thành cụm công trình phòng, chống thiên tai, nước biển dâng do bão, giảm ngập lụt, úng do lún, sụt đất; giảm thiệt hại do hạn hán, xâm nhập mặn vào mùa khô cho các mô hình sản xuất trong vùng.

Dự án hệ thống thủy lợi Cái Lớn - Cái Bé giai đoạn 1 (tổng vốn đầu tư hơn 3.300 tỉ đồng), trong đó có hai "siêu cống" Cái Lớn, Cái Bé nêu trên hiện là cống lớn nhất miền Tây nói riêng và Việt Nam nói chung. Thời gian qua, một số địa phương trong vùng Tây Sông Hậu đã có kiến nghị trung ương tiếp tục triển khai giai đoạn 2 của dự án này để đảm bảo khép kín hơn nữa việc ngăn xâm nhập mặn cho vùng Đồng bằng sông Cửu Long.