Nuôi cấy mô hoa ly hiện nay ở các nước tiên tiến đã khá hoàn thiện có thể đáp ứng được số lượng lớn cây giống sạch bệnh. Ở Việt Nam phương pháp này còn mới, hiện chưa được áp dụng phổ biến.

Lấy mẫu: Các phần lấy để nuôi cấy mô rất phong phú từ củ, lá, nụ, cuống, hoa,... hưng lấy phần non của đỉnh sinh trưởng tốt hơn cả. Vì chúng dễ lấy, dễ khử trùng, thời gian mọc thành cây ngắn.

Khử trùng mẫu: Mẫu được lấy ra ngâm vào nước sạch 15 phút rồi đưa lên tiêu độc ở tủ nuôi cấy. Ngâm mẫu vào cồn 700 trong 30 giây rồi khử trùng bằng hoá chất H2C12 trong 20 phút.

Nuôi cấy trong phòng: Điều tiết môi trường nuôi cấy nhiệt độ thích hợp là 20 - 40 độ C, ánh sáng từ 1000 - 2000lux, thời gian chiếu sáng mỗi ngày từ 10 - 12h (các bước nuôi cấy mô giống như với loài thân thảo khác).

Đưa cây ra vườn ươm: Sau khi cây non ra rễ dài 0,7 - 1cm, có thể lấy ra trồng. Khi mới lấy từ bình nuôi cấy ra không nhất thiết phải tách thành cây một, đợi sau khi cây sống chắc chắn rồi mới tách riêng ra. Thời gian đầu chú ý bảo quản nhiệt độ luôn mát mẻ (15 - 25 độ C ).

Đối với giống quý hiếm, để đảm bảo tỉ lệ sống cao, thường sau khi lấy từ bình ra, người ta đặt trên giấy thấm nước rồi chuyển vào nơi tiêu độc để trồng trong vườn ươm. 

Thông thường tỉ lệ sống của cây hoa ly nuôi cấy mô hiện nay có thể đạt từ 80 - 100%.